Star Wars : A Bad Batch – Sanctuaire met en scène Hunter, Wrecker, Tech et Omega dans une mission périlleuse. Après avoir tourné le dos à l'Empire, l'équipe tente d'aider à reconstruire Pabu, mais l'île manque cruellement de ressources, notamment à cause d'une catastrophe récente.
Deux opdrachten s'offrent au groupe grâce à Phee Genoa, présenté comme une « libératrice » de trésors. L'enchaînement des événements se complique dès le départ : les choix divergent, et les tensions prennent le dessus pendant qu'ils cherchent à obtenir un précieux artefact.
La seconde mission s'avère encore plus délicate. Les Bad Batch doivent transporter des personnes en fuite, dont l'une est sur le point de donner naissance. Entre promesses fragiles, passagers énigmatiques et secrets liés à un officier du Bureau de la Sécurité Impériale, les membres du groupe devront compter sur leur cohésion.